|
|
Studium vlivu magnetických polí na biologické tkáně
Vlachová Hutová, Eliška ; Fiala, Pavel (oponent) ; Bartušek, Karel (vedoucí práce)
Práce se zabývá výzkumem působení magnetického pole na raná somatická embrya (RSE) smrku a borovice. Působící magnetické pole je gradientní. Cílem práce bylo seznámit se s těmito magnetickými poli a navrhnout metodiku experimentu, kdy do působících magnetických polí byly vloženy Petriho misky, které obsahovaly vždy 1 shluk RSE. Výsledky experimentu obsahují porovnání metod analýzy obrazu, porovnání různých působících magnetických polí a porovnání růstu vzorků na základě okolní teploty. Součásti práce je i návrh programu pro zjištění velikosti RSE v sejmutém obrazu.
|
|
|
Zpracování obrazu Petriho misek
Adámek, Jakub ; Hradiš, Michal (oponent) ; Zemčík, Pavel (vedoucí práce)
Tato práce se zabývá zpracováním obrazu na Petriho miskách. V první části práce je souhrn odborných výrazů a postupů v laboratorní praxi. Následuje přehled zařízení a algoritmů pro analýzu obrazu Petriho misek. V druhé části je návrh a implementace vlastní aplikace pro automatické počítání bakteriálních kolonií, která byla vyvíjena ve spolupráci s mikrobiologickou laboratoří. Aplikace je určena pro mobilní zařízení s operačním systémem Android. Součástí práce je také návrh a vytvoření dvou osvětlovacích jednotek, které slouží jako příslušenství pro dosažení lepších výsledků při analýze Petriho misky. V závěru práce jsou uvedeny dosažené výsledky, porovnání osvětlovacích jednotek a různých typů mobilních zařízení, na kterých byla aplikace testována.
|
|
|
Detekce a lokalizace mikrobiálních kolonií pomocí algoritmů hlubokého učení
Čičatka, Michal ; Vičar, Tomáš (oponent) ; Mézl, Martin (vedoucí práce)
Díky masivnímu rozšíření hmotnostní spektrometrie a neustálému zdražování lidské práce se v současné době nabízí otázka optimalizace přípravy mikrobiálních vzorků. Tato diplomová práce se věnuje návrhu a implementaci algoritmu strojového učení pro segmentaci obrazů mikrobiálních kolonií kultivovaných na Petriho miskách. Algoritmus bude použit v ovládacím software přístroje MBT Pathfinder společnosti Bruker s. r. o., jehož úkolem je automatizace procesu roztěru mikrobiálních vzorků na MALDI destičky. V rámci práce bylo implementováno několik modelů segmentačních neuronových sítí na bázi architektur UNet, UNet++ a ENet. Na základě množství experimentů zkoumajících různé konfigurace sítí a předzpracování trénovacího datasetu byl pro použití v produkčním prostředí vybrán model ENet s čtyřnásobným množstvím filtrů a přidaným konvolučním blokem enkodéru trénovaný na datasetu obrazů misek s aplikovanou kruhovou maskou.
|
|
|
Image-Based Clustering of Microbial Colonies
Láncoš, Jan ; Kišš, Martin (oponent) ; Beneš, Karel (vedoucí práce)
In-lab analysis of microbial colonies grown on Petri dishes is on the frontier of efforts for total laboratory automation. The core of this issue lies in precise localization of the colonies during image analysis. The state of the art solutions often employ machine learning models. However, these models tend to be heavily reliant on existence of quality labels which leads to a data scarcity problem. The proposed thesis addresses this issue by creation of a sample generator. The robustness of the proposed solution was corroborated by successfully applying the generator both in our segmentation and colony clustering efforts, significantly raising the F1 segmentation score from 0.518 to 0.729 and achieving a subsequent V-measure clustering score of 0.830. This approach to generating synthetic data brings us one step closer towards total laboratory automation.
|
|
|
Detekce a lokalizace mikrobiálních kolonií pomocí algoritmů hlubokého učení
Čičatka, Michal ; Vičar, Tomáš (oponent) ; Mézl, Martin (vedoucí práce)
Díky masivnímu rozšíření hmotnostní spektrometrie a neustálému zdražování lidské práce se v současné době nabízí otázka optimalizace přípravy mikrobiálních vzorků. Tato diplomová práce se věnuje návrhu a implementaci algoritmu strojového učení pro segmentaci obrazů mikrobiálních kolonií kultivovaných na Petriho miskách. Algoritmus bude použit v ovládacím software přístroje MBT Pathfinder společnosti Bruker s. r. o., jehož úkolem je automatizace procesu roztěru mikrobiálních vzorků na MALDI destičky. V rámci práce bylo implementováno několik modelů segmentačních neuronových sítí na bázi architektur UNet, UNet++ a ENet. Na základě množství experimentů zkoumajících různé konfigurace sítí a předzpracování trénovacího datasetu byl pro použití v produkčním prostředí vybrán model ENet s čtyřnásobným množstvím filtrů a přidaným konvolučním blokem enkodéru trénovaný na datasetu obrazů misek s aplikovanou kruhovou maskou.
|
|
|
Zpracování obrazu Petriho misek
Adámek, Jakub ; Hradiš, Michal (oponent) ; Zemčík, Pavel (vedoucí práce)
Tato práce se zabývá zpracováním obrazu na Petriho miskách. V první části práce je souhrn odborných výrazů a postupů v laboratorní praxi. Následuje přehled zařízení a algoritmů pro analýzu obrazu Petriho misek. V druhé části je návrh a implementace vlastní aplikace pro automatické počítání bakteriálních kolonií, která byla vyvíjena ve spolupráci s mikrobiologickou laboratoří. Aplikace je určena pro mobilní zařízení s operačním systémem Android. Součástí práce je také návrh a vytvoření dvou osvětlovacích jednotek, které slouží jako příslušenství pro dosažení lepších výsledků při analýze Petriho misky. V závěru práce jsou uvedeny dosažené výsledky, porovnání osvětlovacích jednotek a různých typů mobilních zařízení, na kterých byla aplikace testována.
|
|
|
Studium vlivu magnetických polí na biologické tkáně
Vlachová Hutová, Eliška ; Fiala, Pavel (oponent) ; Bartušek, Karel (vedoucí práce)
Práce se zabývá výzkumem působení magnetického pole na raná somatická embrya (RSE) smrku a borovice. Působící magnetické pole je gradientní. Cílem práce bylo seznámit se s těmito magnetickými poli a navrhnout metodiku experimentu, kdy do působících magnetických polí byly vloženy Petriho misky, které obsahovaly vždy 1 shluk RSE. Výsledky experimentu obsahují porovnání metod analýzy obrazu, porovnání různých působících magnetických polí a porovnání růstu vzorků na základě okolní teploty. Součásti práce je i návrh programu pro zjištění velikosti RSE v sejmutém obrazu.
|
|
|
Použití Matlabu pro kvantitativní analýzu růstu kvasinek
Schier, Jan ; Kovář, Bohumil
Kvantitativní analýza růstu se používá v mikrobiologii, genetice a medicínském výzkumu pro určení vlivu testované látky na růst kolonií určitého organismu (v našem článku se zabýváme koloniemi kvasinek). Jako příklady testované látky lze uvést antibiotika, mutageny, nebo léčiva. Pro vyhodnocení experimentu jsou kolonie, naočkované na Petriho misky, snímány digitální kamerou v temné komoře. Pro každý snímek je poté třeba určit pro následné statistické vyhodnocení relativní plochu porostu a celkový počet kolonií. V současné laboratorní praxi jsou tyto parametry často získávány ručním počítáním, což je proces s omezenou přesností a vysokou chybovostí. Rovněž, s ohledem na časovou náročnost ručního počítání, je omezené množství snímků, které lze rozumně zpracovat. V našem článku popisujeme nástroj pro poloautomatické počítání snímků misek, vytvořený v programovacím jazyku Matlab.
|
host ::
RSS.